Во время первой мировой войны Богданов был мобилизован в действующую армию и год пробыл на фронте врачом. По отношению к империалистической войне он занимал последовательную интернационалистическую позицию.
В Великой Октябрьской революции А. А. Богданов участия не принимал, но воспринял ее как огромное социальное завоевание и активно работал в советских организациях. По указанию В. И. Ленина он был привлечен к преподавательской деятельности. В 1918–1921 гг. он работал профессором политической экономии 1-го МГУ; был одним из основателей Социалистической (затем Коммунистической) академии (1918 г.), членом ее Президиума (1918–1926 гг.), работал в идеологической секции и комиссии по переводу на русский язык трудов К. Маркса и Ф. Энгельса.
Как член Комакадемии А. А. Богданов активно участвовал в экономических дискуссиях 20-х годов — об исторических границах политической экономии (1925 г.), о «законе ценности» (1926 г.), об абстрактном труде (1927 г.). На первой из названных дискуссий Богданов решительно поддержал И. И. Скворцова-Степанова, выступившего с критикой получившей распространение в 20-е годы «ограничительной» трактовки политэкономии в защиту марксистского положения о политической экономии в широком смысле слова. Богданов и Скворцов-Степанов последовательно отстаивали историзм в политической экономии в своем двухтомном фундаментальном «Курсе политической экономии», выдержавшем ряд изданий.
А. А. Богданов подверг критике мнение (высказанное Ш. М. Дволайцким) о неприменимости метода «Капитала» К. Маркса к анализу некапиталистических общественно-экономических формаций, подчеркнув, что проблема заключается не в различии методов исследования, а в различии «исходных абстракций», поставив тем самым, хотя и в неявной форме, проблему исходных экономических категорий различных способов производства.
Во время дискуссии о «законе ценности» А. А. Богданов подверг справедливой критике отождествление Е. А. Преображенским закона стоимости с законом спроса и предложения, находясь в то же время на позициях внеисторического понимания стоимости как общественной трудоемкости. Богдановская концепция всеобщего «закона трудовых затрат», который в товарно-капиталистическом хозяйстве осуществляется стихийно, как закон стоимости, а при социализме осуществляется планомерно, вызвала острую дискуссию в советской экономической литературе.
В 20-е годы многократно переиздавались написанные А. А. Богдановым «Краткий курс экономической науки» и «Начальный курс политической экономии». Эти пособия имели как положительные (ясность и стройность изложения, критика буржуазных экономических теорий), так и отрицательные стороны (механицизм, периодизация экономических эпох по степени развития меновых отношений и др.), но в целом сыграли немаловажную роль в распространении экономических знаний.
А. А. Богданов был одним из пионеров нотовского движения в СССР. Еще в 1913 г. он написал брошюру «Между человеком и машиною», где дал анализ отдельных прогрессивных сторон системы Тейлора и ее реакционной социальной сущности. В дополненном переиздании этой работы (1918 г.) он ставил вопрос об использовании научных элементов системы Тейлора для того, чтобы «поднять трудоспособность масс до высшего уровня, какой совместим с поддержанием здоровья рабочих и возможностью развиваться культурно». На примере системы Тейлора Богданов показывал, что «надо учиться у буржуазного мира всему, что пригодно для достижения наших целей, но только брать все это сознательно, с критикой, исследуя, что и где лучше применить, отбрасывая все негодное или просто лишнее. Тогда мы сможем подняться над буржуазным миром и, в конце концов, победим его как в борьбе, так и в строительстве».
На первой Всесоюзной конференции по научной организации труда (1921 г.) Богданов высказал идею разграничения организационного искусства и организационной науки, близкую современным представлениям о соотношении науки и искусства управления.
В 1918–1920 гг. Богданов был членом ЦК Пролеткульта. В богдановской концепции «пролетарской культуры» много ошибочного и спорного, но были и несомненно положительные моменты. Он выдвинул идеи демократизации научного знания на основе создания рабочей энциклопедии, организации рабочих университетов, развития пролетарского искусства, проникнутого духом трудового коллективизма и товарищеского сотрудничества. Цель новой культуры — формирование «нового человеческого типа, стройно-целостного, свободного от прежней узости, порожденной дроблением человека в специализации, свободного от индивидуальной замкнутости воли и чувства, порожденной экономической разрозненностью и борьбой». Вопрос о пролетарской культуре, по его мнению, «следует решать на основе живой действительности», в ее многосторонности, а не исходя «всецело» из техники машинного производства (как полагал, например, А. К. Гастев). «Новая культура рождается из старой, учится у нее».
Касаясь вопросов художественной формы, Богданов указывал, что больше всего соответствуют задачам нарождающегося пролетарского искусства «простота, ясность, чистота форм» русских классиков XIX в. «У нас были великие мастера, — писал он, — которые достойны быть первыми учителями форм искусства для великого класса».
В 20-е годы многократно переиздавались и пользовались большой популярностью беллетристические произведения Богданова — «Красная звезда» и «Инженер Мэнни». Высокую оценку «Красной звезде», написанной в 1908 г., дал известный советский писатель, вице-президент Всемирной ассоциации научной фантастики Еремей Парнов. Несколько менее удачен «Инженер Мэнни» (написан в 1911 г.), к тому же в ряде мест отразивший философские ошибки автора. В. И. Ленин, прочтя роман, указывал на глубоко «запрятанный» в нем махизм.